Menurut Profesor Gabriel Lele dari UGM, program transmigrasi di Papua masih diperlukan, tapi perlu persiapan yang matang agar dapat memberikan dampak positif dalam mempercepat transformasi di sektor pertanian dan ekonomi masyarakat. Menurutnya, transmigrasi masih penting di Papua, namun perlu diperhatikan penyiapan transmigrannya dan interaksi dengan orang asli Papua yang memiliki daya juang tinggi.
Menurut Prof Gabriel, transmigran bisa membantu dalam pengembangan ekonomi, namun perlu dihindari marginalisasi dan De-Papuanisasi. Keberadaan transmigran yang melakukan hal-hal baik bisa menjadi contoh bagi masyarakat Papua, seperti kebiasaan bertani yang mulai ditiru oleh masyarakat setempat.
Pemerintah pusat juga harus berkomunikasi dengan Pemerintah Papua dalam pelaksanaan program transmigrasi agar tidak menimbulkan konflik sosial. Pelaksanaan transmigrasi harus diatur dengan baik dan pemerintah harus meningkatkan komunikasi dengan Gubernur Papua.
Menurut Prof Gabriel, transmigrasi yang disponsori oleh pemerintah bisa diatur dengan mudah. Yang perlu diawasi adalah transmigrasi selfsponsor dan migrasi yang dibawa perusahaan yang jumlahnya tidak terkontrol. Transmigran yang mengikuti program transmigrasi, baik yang disponsori oleh pemerintah maupun selfsponsor, biasanya orang-orang yang memiliki daya juang tinggi atau kompetitif.
Jika tidak diatur dengan baik, bisa terjadi masalah de-Papuanisasi dimana jumlah penduduk Papua semakin sedikit dibandingkan dengan pendatang. Oleh karena itu, penting bagi pemerintah pusat untuk memperhatikan hal ini dan bekerja sama dengan Pemerintah Papua dalam mengatur transmigrasi.
Dengan demikian, program transmigrasi di Papua masih memiliki potensi untuk memberikan dampak positif asalkan dilakukan dengan persiapan yang matang dan koordinasi yang baik antara pemerintah pusat dan daerah.